科学研究是基地建设的又一重要内容，基地研究课题实行项目管理制。我们结合云南经济社会发展需求和自身实际情况，做出明确的科研规划：“基地近5年主要研究重点为跨境民族地区多元宗教和谐相处的历史与现状研究，跨境民族中宗教渗透的新动向与反渗透的新策略研究，跨境民族地区宗教“三自”能力建设研究，跨境民族社会和谐发展研究，跨境民族突出社会问题研究（毒品、艾滋病、贫困、教育、妇女等）。为提高基地整体研究水平，扩大国际、国内学术交流，拟举办2—3次围绕跨境民族宗教社会问题专题学术研讨会，争取5年内有3—5项国家或省重点课题立项，在五年内出版3部相关学术研究专著，并力争科研课题以较高水平结项。”