基地研究方向凝炼，明确定位在“宗教社会学”、“西南边疆社会问题研究”、“发展社会学”、以及“性别社会学”4个直接服务于边疆经济社会发展与和谐稳定的研究方向上，重点研究跨境民族地区多元宗教和谐相处的历史与现状研究，跨境民族中宗教渗透的新动向与反渗透的新策略研究，跨境民族社会和谐发展研究，跨境民族突出社会问题研究（毒品、艾滋病、贫困、教育、赌博、少数民族妇女等）。