科学研究是基地建设的又一重要内容，研究课题实行项目管理制。课题立项采取开放、流动、联合、竞争的运行机制。在每年的11月份由基地组织相关专家共同研究，根据本基地的研究方向，结合我省边疆民族地区实际，提出下一年度选题指导意见，向社会公布，征集选题，经过省社科规划办评审批准后实施，最终确定选课和配套经费。已批准的选题按相关规定实施项目管理，选题结题后除提供选题结题报告，同时提供对策建议的简报，上报省社科规划办和政府相关部门作为决策参考。